Los fondos
Lazkaoko Beneditarren Fundazioa custodia el grueso de la documentación de temática vasca recopilada por Juan José Agirre a lo largo de los años: la hemeroteca vasca, las colecciones documentales, los archivos, los carteles y las pegatinas. A todo ello se le conoce como Fondo de los Benedictinos de Lazkao, y resulta imprescindible para conocer los últimos cuarenta años de la historia vasca.
En la Fundación pueden consultarse también los fondos de la Biblioteca del Monasterio de los Benedictinos y los de la Biblioteca Vasca formada por Agirre, que se encuentran en las dependencias del Monasterio de los Benedictinos y no han pasado a formar parte del patrimonio de la Fundación. El catálogo puede consultarse en el Catálogo Colectivo de Euskadi.